Inovace výuky chemie je založena na učitelově přípravě protokolů k chemickým cvičením a následné práci s těmito protokoly v průběhu přírodovědných cvičení a laboratorních prací. Protokoly vedou žáky ke zcela samostatné práci, v jejímž průběhu žáci prostudují teoretický úvod a pomocí vypsané metodiky vypracují zadaný laboratorní úkol. Žák je veden protokolem tak, že se naučí orientovat v textu, samostatně pracovat podle metodiky a zaznamenávat pozorované jevy. Následně žáci vypracují závěr, což vyžaduje aktivní osvojení látky formou řízeného objevování.
Žáci následně průběh cvičení zpracovávají elektronicky, to znamená doplní do elektronické formy protokolu požadované naměřené hodnoty, odpovědi na otázky a závěr. Vybraná skupina žáků vypracuje k danému protokolu prezentaci, kterou představí spolužákům, a tím si nacvičí veřejné vystupování a prezentaci výsledků vlastní práce.